Klebelsberg 1917 februárjában, kultuszminisztériumi államtitkársága utolsó napjaiban jutott újabb, egész további életét meghatározó pozícióhoz, a Magyar Történelmi Társulat elnökségéhez, melyet egészen haláláig viselt. Így 1917 tavaszától egyszerre látott el közigazgatási, politikai és szakmai-tudományszervezési feladatokat. Egy rövid, 1918–1919-es kitérő kivételével élete végéig.
Az 1867-ben alapított Történelmi Társulat – melynek tagjai között a szaktörténészeken kívül minden értelmiségi szakterület képviselői megtalálhatóak voltak – gyorsan népszerűvé vált, ám a 19. század legvégén anyagi válságba került. A 20. század kezdetén, Thallóczy Lajos 1903–1916 közötti elnöksége alatt ismét konszolidálta helyzetét. A Klebelsberggel baráti kapcsolatban álló Thallóczy 1916. december 1-jén, Ferenc József temetéséről Budapestre tartva vesztette életét a herceghalmi vonatbalesetben, a magyar vasút történetének legtöbb halálos áldozatot követelő tragédiájában. Halála után rögtön megkezdődtek az egyeztetések az új elnök személyéről.
Végül igen gyorsan megegyeztek Klebelsberg felkérésében, és 1917. február 16-án, a Társulat rendkívüli elnökválasztó közgyűlésén 86 érvényes szavazatból 84 igennel őt választották elnöküknek. Bár Klebelsberg nem volt történész, ám kedvenc időtöltése történelmi munkák olvasása volt, s már korai feljegyzéseiben is fölhívta a figyelmet az aktuális problémák történelmi gyökereire, azokat igyekezett minél alaposabban bemutatni és elemezni. Minisztersége idején is ugyanígy cselekedett: beszédeiben, cikkeiben és törvényjavaslatai indokolásában mindig bőségesen szerepeltek a múlt tanulságai nyomán megfogalmazott érvek és tételek.
Klebelsberg a rá jellemző, fáradságot nem ismerő munkatempóban látott neki a Társulat újjászervezésének. Két hónappal elnöki kinevezése után, a Társulat 1917. április 26-i közgyűlésén már olyan új programot fogalmazott meg, amely megalapozta a két világháború közötti, aranykorát élő magyar történettudomány kutatási terveit és intézményrendszerét. Ekkor mondta el először később számos változatban megismételt, elitképzésre vonatkozó szavait: „Aki népoktatást szervez, az szórja bőven a művelődés magvát a nép széles rétegeinek televény földjébe, mint a magyar magvető. Aki tudósnevelés körül törődik, az legyen orchideakertész, foglalkozzék minden cseréppel külön-külön.”
Klebelsberg elképzeléseit hamarosan tettek követték. Vérbeli tudományszervezői erényei ekkor nyilvánultak meg igazán. Már 1917 júniusában megkezdte, majd a Bécsben dolgozó magyar levéltárosok (elsősorban Károlyi Árpád, Szekfű Gyula és Eckhart Ferenc) segítségével 1918 februárjára véglegesítette minden idők legszínvonalasabb magyar történeti forráskiadás-sorozatának, a Fontes historiae Hungaricae aevi recentioris, azaz a Magyarország újabbkori történetének forrásai programját, s ennek megjelentetésére egy magyar történeti intézet alapítását tervezte Bécsben (ami végül 1920-ban valósult meg). Közben különböző forrásokból, kiterjedt kapcsolati hálóját ügyesen használva a kiadáshoz nélkülözhetetlen anyagiakat is előteremtette. Az 1918–1919-es politikai zűrzavar után így könnyen „melegíthette föl” már kész terveit, s a szükséges pénzeszközök újbóli beszerzését is rendkívül ügyesen biztosította.
Tevékenysége nyomán és a trianoni trauma következtében az 1920-as évek első felében a történettudomány a legfontosabb tudományággá vált Magyarországon. Klebelsberg szinte valamennyi nevesebb magyar történésszel közeli, sokszor baráti viszonyba került, tevékenységüket állandóan figyelemmel kísérte. Történettudomány iránti elkötelezettsége haláláig megmaradt.